Luật thuế GTGT (sửa đổi) được thông qua ngày 3-6-2008 tại kỳ họp thứ 9 Quốc hội khoá XII có hiệu lực thi hành từ ngày 1-1-2009 để thay thế cho Luật thuế GTGT năm 1997 và các Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT năm 2003, năm 2005. Qua quá trình triển khai thực hiện, Luật thuế GTGT đã đi vào cuộc sống, tác động tích cực đến nhiều mặt kinh tế, xã hội của đất nước và đạt được mục tiêu đề ra khi ban hành Luật. Tuy nhiên do những biến động nhanh về kinh tế - xã hội và trước yêu cầu ngày càng cao về hiện đại hóa công tác quản lý thuế nên một số quy định của Luật đã bộc lộ những hạn chế, vướng mắc cần phải được sửa đổi, bổ sung.

Thống nhất với Tờ trình của Chính phủ, UBTVQH tán thành về sự cần thiết sửa đổi, bổ sung Luật nhằm kịp thời khắc phục những hạn chế, bất cập của Luật hiện hành, bảo đảm tính thống nhất, đồng bộ của hệ thống pháp luật, tạo thuận lợi cho quá trình thực hiện.

Dự thảo Luật lần này đã bổ sung một số nhóm đối tượng vào diện không chịu thuế như sản phẩm bảo hiểm về con người, bảo hiểm nông nghiệp, bảo hiểm an ngư, dịch vụ cho vay của người nộp thuế không phải là tổ chức tín dụng, bán nợ, kinh doanh ngoại tệ... Đa số ý kiến trong Thường trực Ủy ban TCNS tán thành với việc bổ sung các nhóm đối tượng trên vào diện không chịu thuế.

Điều đáng quan tâm của Luật sửa đổi lần này đó là việc điều chỉnh hạ các mức thuế suất. Theo Chiến lược cải cách thuế giai đoạn 2011-2020, việc cải cách thuế GTGT cần đạt được mục tiêu “giảm bớt nhóm hàng hóa dịch vụ chịu thuế suất 5%, tiến tới chỉ còn một mức thuế suất”. Theo quan điểm của Ủy ban Tài chính- Ngân sách, cơ quan thẩm tra dự án Luật, trong bối cảnh hiện nay, cần thiết giữ nguyên 3 mức thuế suất 0%, 5% và 10%, chưa áp dụng thống nhất một mức thuế suất.

Ngoài ra, dự thảo sửa đổi, bổ sung Luật Thuế GTGT đã đưa ra một loạt những quy định thể hiện rõ sự chia sẻ với người dân và doanh nghiệp trong bối cảnh nền kinh tế hiện khó khăn. Tại khoản 25 Điều 5 Luật thuế GTGT có quy định: “Hàng hóa, dịch vụ của cá nhân kinh doanh có mức thu nhập bình quân tháng thấp hơn mức lương tối thiểu chung áp dụng đối với tổ chức, doanh nghiệp trong nước không chịu thuế GTGT.” Quy định về hàng hoá, dịch vụ không chịu thuế GTGT của hộ cá nhân kinh doanh có thu nhập thấp căn cứ theo mức lương tối thiểu đã thể hiện rõ ràng chính sách ưu đãi của Nhà nước miễn thuế GTGT đối với những hộ cá nhân kinh doanh có thu nhập thấp nhưng do thực hiện lộ trình cải cách tiền lương và trước yêu cầu đơn giản, hiện đại hoá công tác quản lý thuế đã đặt ra yêu cầu sửa đổi. Để đảm bảo minh bạch, đơn giản, dễ thực hiện, đề nghị sửa đổi chuyển căn cứ xác định không chịu thuế đối với cá nhân kinh doanh từ thu nhập, lương sang doanh thu. Qua tính toán của Chính phủ, mức doanh thu tối thiểu không chịu thuế nên là 100 triệu đồng/năm, tương đương với mức doanh thu gần 9 triệu đồng/tháng không phân biệt theo ngành nghề, địa bàn. Theo đó, các hộ cá nhân kinh doanh có doanh thu từ 100 triệu đồng trở lên mới phải nộp thuế GTGT.

Theo Thứ trưởng Bộ Tài chính Vũ Thị Mai,  thực hiện điều chỉnh này tuy có thể làm giảm thu NSNN trong một số trường hợp song trong bối cảnh kinh tế tăng trưởng chậm lại, sức tiêu thụ hàng hóa và dịch vụ ở mức thấp thể hiện sự chia sẻ của Nhà nước với hộ, cá nhân kinh doanh, tạo sự đồng thuận trong xã hội trong việc thực hiện các chính sách của nhà nước, góp phần hỗ trợ cho các cá nhân, hộ kinh doanh nhỏ.

Đồng tình với việc sửa đổi Luật, Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính Ngân sách Phùng Quốc Hiển có nhấn mạnh rằng sửa đổi, phải bảo đảm khoan sức dân, tạo điều kiện thuận lợi nhằm thúc đẩy sự phát triển của doanh nghiệp, nuôi dưỡng nguồn thu. Theo Chủ nhiệm UB Tài chính- Ngân sách Phùng Quốc Hiển, mức thuế của ta vẫn giữ nguyên là khoan sức dân. Nhưng thuế TNDN giảm sẽ khiến thu ngân sách giảm. Trong ngắn hạn không ảnh hưởng nhiều đến thu ngân sách nhưng dài hạn phải tính toán chính sách vừa phục vụ phát triển kinh tế, không giảm thu ngân sách đồng thời khoan sức dân.

Phó Chủ tịch QH Tòng Thị Phóng cũng đồng tình việc sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT là từ thực tiễn bức xúc, phải tháo gỡ chính sách thuế, hỗ trợ DN sản xuất kinh doanh. Phó Chủ tịch Tòng Thị Phóng cho biết thêm: “Mặc dù sửa 7 điều nhưng là những chính sách quan trọng. QH quyết định nhưng hướng dẫn điều hành vẫn phải là Chính phủ. Tôi đồng tình chưa nên áp dụng một mức thuế suất. Mong muốn là như vậy nhưng thời điểm này chưa thực hiện được”.

Phó Chủ tịch QH Nguyễn Thị Kim Ngân kết luận: Trong tương lai sẽ hướng đến áp dụng 1 mức thuế suất đối với thuế GTGT nhưng trước mắt vẫn tiếp tục thực hiện 3 mức như hiện hành. Về quy trình thông qua 1 hay 2 kỳ họp, nếu đạt yêu cầu thì có thể trình xem xét thông qua tại 1 kỳ họp. Còn nếu trình qua 2 kỳ họp thì phải chuẩn bị kỹ lưỡng nếu không sẽ hết sức khó khăn trong việc chuẩn bị các văn bản hướng dẫn. Theo Tờ trình của Chính phủ, Dự án Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT dự kiến trình Quốc hội tại 2 kỳ: kỳ họp thứ 5 (tháng 5-2013) để lấy ý kiến và kỳ họp thứ 6 (tháng 10-2013) thông qua. Để bảo đảm kịp thời ban hành văn bản hướng dẫn thi hành, thực hiện công tác tuyên truyền và chuẩn bị điều kiện quản lý cho cả doanh nghiệp và cơ quan thuế, Chính phủ đề nghị hiệu lực thi hành của Dự án Luật là từ ngày 1-7-2014.